教育部長潘文忠請辭獲准後，確定由中研院院士吳茂昆接任，再度引起教育界話題。
潘文忠擔任部長以來，不管在廢除課綱微調、高教深耕計畫及臺大校長遴選等，都引起不少爭議，而在辭職聲明中，特別提到盼臺大校長爭議停止政治操作，顯然管中閔事件才是辭職的主因。
新教長上任後，是否能停止臺大校長爭議，讓管中閔接任臺大校長或不給予發聘，將是最迫切需要解決的問題。歷經將近四個月的爭議，涉及教育、政治和法律的錯綜複雜關係，雖然很難在短時間內解決，但如果處理不慎，恐將陷入無止境的紛爭之中，教育也將受到嚴重的傷害。
再者，十二年國教新課綱預訂於一百零八學年度實施，目前尚未完成所有領域課程公布，不利於出版商編輯教科書，更影響審查和選擇教科書。但新教長不熟悉中小學教育業務，要做出有效的專業判斷，順利如期實施新課程，將是未來重大挑戰之一。
此外，行政院力推私幼公共化政策，計畫補助就讀私幼的家庭，每人每年兩萬元至七萬元不等學費，受到不少批評，認為對提升幼教品質助益不大。新任教長也缺乏幼教相關經驗，未來要研訂適切有效幼教政策，也將成為很大的挑戰。
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