十二年國教主要分為兩大階段，第一階段是九年國民教育，第二階段則是後三年的高級中等教育，「普及化、免學費、以免試入學為主」是其重要特色；其中又以「免學費」最受家長青睞、民調支持度最高。教育部長蔣偉寧表示，希望透過十二年國教免學費的政策規畫來減輕學生經濟負擔、安心就學。
教育部一直都有對經濟弱勢學生提供就學補助，以高職生（含五專前三年）為例，現階段是只要家戶年所得在一百一十四萬元以下者就可免繳學費；而私立高中學生則是家戶年所得在一百一十四萬元以下者可比照公立高中學生繳交學費。
隨著十二年國教上路，就學補助也將全面擴大，從一○三年八月起，公私立高中職學生都將「全面免學費」，估計這樣下來，就讀公立學校每年大約可省下學費一萬多元，而就讀私立學校者，每年可省四萬五千元學費，但學生仍須繳交雜費、代收代付費及代辦費等相關費用。
不過，仍有家長誤解，以為孩子只要就讀高中職，就都能享有免學費優惠。教育部師資培育及藝術教育司（前身為中等教育司）司長張明文表示，十二年國教並不是像九年國教一樣屬於義務教育，因此教育當局對每位高中職生的免學費補助只限於前三年，且須是擁有中華民國籍的學生。換言之，如果學生因個人因素或成績不合格而必須重讀時，則要自己負擔學費，以免占用教育資源。
儘管免學費政策立意良好，但近來民間教育團體也出現不同聲音，擔憂這項政策恐將拖垮國家財政，使十二年國教無法走得長久。
全國家長團體聯盟理事長吳福濱表示，由於十二年國教涉及面向深且廣，且每一項配套措施都迫切需要經費，為此立法院也在去年完成修法，將教育預算比例從原先的百分之二十一點五增加一個百分點，照理說，今年的經費可增加約兩百億元，但教育部提出的預算只比去年增加七億三千六百多萬元，十二年國教編列的經費也只增加三千多萬元，讓家長團體憂心實際上路後，經費可能會「捉襟見肘」，而無法達到預期目標。
【記者羅智華專題報導】
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